Úrad na ochranu osobných údajov Slovenskej republiky (ďalej len „úrad“) plní vo vzťahu k orgánom Európskej únie oznamovaciu povinnosť voči Európskej komisii, prijíma opatrenia na vykonanie rozhodnutí Európskej komisie v oblasti ochrany osobných údajov a spolupracuje s rôznymi partnermi. Hlavnými partnermi úradu na európskej úrovni sú najmä Generálne riaditeľstvo Európskej komisie pre spravodlivosť, Riaditeľstvo C3 – Základné práva a občianstvo únie a Európsky dozorný úradník pre ochranu údajov. Úrad sa taktiež aktívne zúčastňuje na práci rôznych pracovných skupín zriadených Európskou komisiou, ktorých úlohou je napr. vypracovanie stanovísk k uplatňovaniu smernice č. 95/46/EHS o ochrane osobných údajov (A29 WP), výkon dozoru nad ochranou osobných údajov v Europole (JSB EUROPOL), v rámci Schengenských alebo colných informačných systémov (JSA SCHENGEN) a pod. Za účelom zefektívnenia úrovne ochrany osobných údajov úrad spolupracuje pri výkone dozoru nad ochranou osobných údajov s partnerskými orgánmi dozoru nie len z členských štátov Európskej únie, ale aj z tretích krajín.