Povinnosť osobitnej registrácie platí pre prevádzkovateľov informačných systémov, v ktorých sa spracúva aspoň jeden z osobných údajov uvedených v § 8 odsek 1, teda údaj, ktorý zaraďujeme do osobitnej kategórie osobných údajov a zároveň sa predpokladá prenos týchto údajov do tretej krajiny nezaručujúcej primeranú úroveň ochrany.
Táto povinnosť platí aj keď sú spracúvané údaje podľa § 7 odsek 4 písmeno g). Ide o údaje, ktorých spracúvanie je nevyhnutné na ochranu zákonných práv a právom chránených záujmov prevádzkovateľa alebo tretej strany za predpokladu, že pri takomto spracúvaní osobných údajov prevádzkovateľ a tretia strana rešpektuje základné práva a slobody dotknutej osoby a svojím konaním neoprávnene nezasahuje do práva na ochranu jej osobnosti a súkromia.
Okrem týchto podmienok sa povinnosť osobitnej registrácie vzťahuje aj informačné systémy, v ktorých sa spracúvajú osobné údaje na základe § 9 odsek 3. Čiže spracúvajú sa biometrické údaje (okrem DNA) na účely evidencie alebo identifikácie vstupu do citlivých, osobitne chránených objektov, vyhradených priestorov alebo prístupu do technických zariadení alebo prístrojov s vysokou mierou rizika a ak ide výlučne o vnútornú potrebu prevádzkovateľa a to bez opory v osobitnom zákone alebo bez súhlasu dotknutej osoby. (§ 27 odsek 2)

Pri osobitnej registrácii prevádzkovateľ uvádza údaje uvedené § 26 odsek 3. Sú to tie isté údaje, ktoré sa uvádzajú aj pri registrácii podľa § 25. Aj preto sa pre osobitnú registráciu používa ten istý formulár ako pre registráciu podľa § 25 prístupný na internetových stránkach úradu. Okrem toho prevádzkovateľ predloží podklady, ktoré sú nevyhnutné na posúdenie predmetného spracúvania osobných údajov. (§ 27 odsek 4)

Úrad následne posúdi predložené údaje, preverí, či spracúvaním osobných údajov nevzniká nebezpečenstvo narušenia práv a slobôd dotknutých osôb a najneskôr do 60 dní odo dňa ich prijatia rozhodne o tom, či spracúvanie osobných údajov povolí. Ak pri posudzovaní predložených údajov úrad zistí, že prihlásený informačný systém nepodlieha osobitnej registrácii, oznámi to bez zbytočného odkladu prevádzkovateľovi. (§ 27 odsek 5)

Prevádzkovateľ môže začať spracúvať osobné údaje v informačnom systéme prihlásenom na osobitnú registráciu v deň nasledujúci po dni, v ktorom úrad vydal potvrdenie. (§ 27 odsek 7)

Zmenené údaje je prevádzkovateľ povinný úradu nahlásiť do 15 dní. Na oznamovanie zmien sa používa formulár na registráciu informačného systému zverejnený na internetových stránkach úradu.