Výkon nezávislého dozoru nad ochranou osobných údajov  zabezpečuje odbor dozoru nad ochranou osobných údajov, prostredníctvom inšpektorov. Podieľa sa na ochrane základných práv a slobôd fyzických osôb pri spracúvaní ich osobných údajov. Na tento účel plní odborné úlohy Úradu v rozsahu vymedzenom zákonom o ochrane osobných údajov najmä v oblasti inšpekcie ochrany osobných údajov, kontroly informačných systémov a prešetrovania oznámení. Odbor dozoru nad ochranou osobných údajov ďalej zabezpečuje činnosti súvisiace s registráciou informačných systémov a registráciou zodpovedných osôb v rozsahu vymedzenom cit. zákonom.